Lähetysseura työskentelee Nepalissa syrjittyjen väestöryhmien elinolojen parantamiseksi. Lähetysseura edistää esimerkiksi naisten ja vammaisten asemaa kehittämällä koulutusta ja elinkeinotoimintaa. Lähetysseura osallistuu myös paikallisten kumppanien hiv- ja aids-työhön.
Lähetysseura tukee Nepalissa kansalaisjärjestöjä, joiden toiminta parantaa yhteisöjen elinolosuhteita esimerkiksi ruokaturvaa, koulutusta ja rauhantyötä kehittämällä. Rauhantyössä koulutetaan nuoria ja naisia toimimaan muun muassa perheväkivallan ehkäisemiseksi. Lähetysseura tukee myös paikallisten kumppanien mielenterveystyötä.
Lähetysseura vahvistaa Nepalin kirkkoja ja kristillisiä yhteisöjä muun muassa tukemalla työntekijöiden ja maallikoiden koulutusta. Lähetysseuran tuella koulutetaan esimerkiksi pappeja seurakuntiin eri puolille maata. Yhteistyössä paikallisten kumppanien kanssa järjestetään myös perhetyön koulutuksia ja koulutetaan pyhäkoulun opettajia.
Kummilapsitoiminnan kautta Lähetysseura tukee erityisesti alakastisten tyttöjen, lastenkotien ja kivenhakkaajakylän lasten sekä vammaisten lasten ja nuorten koulunkäyntiä ja jatko-opintoja. Lähetysseura avustaa lapsia ja nuoria esimerkiksi koulutarvikkeiden hankinnassa sekä asumiskuluissa.
Suomen ulkoministeriö rahoittaa Lähetysseuran kehitysyhteistyötä Nepalissa.