Kristilliset kirkot ja lähetysjärjestöt saavat toimia Taiwanissa vapaasti, ja valtio arvostaa niiden työtä. Taiwanin luterilainen kirkko on taloudellisesti itsenäinen, mutta Lähetysseura tukee kirkon erityishankkeita ja työntekijöiden koulutusta. Kirkon seurakuntatyön perustana ovat jumalanpalvelukset, kotikäynnit, pyhäkoulut sekä naisten- ja nuortenpiirit.
Hsinchun luterilainen seminaari (CLS) on tärkeä teologinen oppilaitos kiinalaisella alueella. Lähetysseura tukee taloudellisesti seminaaria, sen julkaisutoimintaa sekä teologisten teosten kääntämistä kiinaksi.
Taiwanissa arvioidaan olevan yli miljoona vierastyöläistä pääasiassa Indonesiasta, Thaimaasta ja Filippiineiltä. Ongelmiin ajautuneet köyhät ja kielitaidottomat ulkomaalaiset joutuvat maassa helposti säilöönottokeskuksiin tai vankilaan. Lähetysseura tukee Hsinchun seminaarin toteuttamaan maahanmuuttajatyötä yhteistyössä Taiwan Foreign Inmates Caring Associationin (TFICA) kautta.
Armon majatalo on kirkon yhteyteen perustettu huumevieroituskeskus. Lähetysseura tukee sen toimintaa ja yhteistyötä Hongkongin Ling Oin kuntoutuskeskuksen ja manner-Kiinan Yunnanin maakunnassa toimivien uusien kristillisten kuntoutuskeskusten kanssa.
