KPMG Julkishallinnonpalvelut Oy on tarkastanut Suomen Lähetysseuralle myönnettyjen kehitysyhteistyövarojen käytön. Ulkoasiainministeriön toimeksiannosta tehdyssä tarkastuksessa käytiin läpi Lähetysseuran toiminnot Suomessa, Etiopiassa ja Nepalissa vuosina 2009–2011.
Lähetysseuran kehitysyhteistyön hallinnointi ja valvonta todettiin tarkastuksessa hyvin vahvaksi. Välitöntä muutosta edellyttäviä seikkoja ei löytynyt, ja Lähetysseuran toiminta todettiin lainmukaiseksi, hallinnollisesti tarkaksi, täsmälliseksi ja ammattimaiseksi.
Tarkastuksen painopiste oli hallinnossa, ei hankkeiden vaikuttavuuden arvioinnissa. Etiopia ja Nepal valikoituivat tarkastettavaksi siksi, että mukaan haluttiin yksi Afrikan maa ja maa, jossa Lähetysseuralla on oma toimisto.
KPMG:n suositusten mukaisesti Lähetysseura jatkaa työtään erityisesti sisäisen tarkastuksen, riskienhallinnan ja seurantajärjestelmien kehittämiseksi. Lähetysseura seuraa kehitysyhteistyöhankkeitaan monella tasolla. Tavoitteena on kehittää hallintokulujen budjetointia, lisätyökaluja laadunvalvontaan ja varmistaa hankkeissa toimivien ihmisten osallistuminen heitä koskevan toiminnan arviointiin.
Toiminnantarkastus oli osa ulkoasiainministeriön viiden vuoden välein teettämiä kumppanuusjärjestöjen toiminnantarkastuksia, joiden tavoitteena on valvoa Suomen kehitysyhteistyövarojen käyttöä. Lähetysseura oli viimeksi toiminnantarkastuksen kohteena vuonna 2007.