Viron luterilaiseen kirkkoon kuuluu noin 150 000 jäsentä. Kirkon resurssit ovat pienet, sillä rahoitus saadaan pääosin vapaaehtoisista jäsenmaksuista ja lahjoituksista. Valtaosa kirkon työntekijöistä on vapaaehtoisia. Lähetysseura tukee kirkkoa muun muassa kouluttamalla työntekijöitä sekä varustamalla ja tukemalla seurakuntien maallikkoja.
Viron kirkko kouluttaa pappeja ja kirkkomuusikoita, mutta diakonia-, lapsi- ja nuorisotyöntekijöiden ammattiin valmistavaa koulutusta ei ole. Lähetysseura avustaa kirkkoa vapaaehtoisten lapsi- ja nuorisotyöntekijöiden kouluttamisessa sekä työssä tarvittavan materiaalin tuottamisessa.
Kirkon perhekeskus tarjoaa terapiaa ja perheneuvontaa pareille ja perheille. Lähetysseura osallistuu myös perheväkivaltaa ehkäisevään toimintaan ja tarjoaa työnohjausta pakolaisperheiden kanssa työskenteleville.
Lähetysseuran ja Viron luterilaisen kirkon yhteistyöllä pyritään elävöittämään ja monipuolistamaan kirkon seurakuntaelämää. Lähetysseura osallistuu esimerkiksi lasten ja nuorten hengellisen musiikin ja musiikkitoiminnan kehittämiseen sekä erilaisten tapahtumien järjestämiseen.
