Botswanassa on Lähetysseuran tukemassa vammaispalveluja tarjoavassa keskuksessa tapahtunut varojen väärinkäyttöä. Thuson kuntoutuskeskuksen hallitus ja Botswanan terveysministeriö ovat molemmat tehneet asiasta rikosilmoituksen. Lähetysseura on selvittänyt asiaa viranomaisten kanssa. Poliisitutkinta on kesken.
Thuson kuntoutuskeskuksen väärinkäytöksen taustalla ovat keskuksen kokonaisjohtamiseen ja taloushallintoon liittyvät syyt, joista Botswanan terveysministeriö haluaa selvityksen. Väärinkäyttöepäilykset kohdistuvat johtotiimin henkilöihin, jotka on vapautettu toimistaan ja keskukselle on nimitetty uusi väliaikainen johto.
Keskus tekee toimenpiteitä palauttaakseen Lähetysseuralta saadut varat, 20 000 euroa. Terveysministeriö seuraa maksatusta. Suomen Lähetysseura on tukenut keskusta ulkoministeriön kehitysyhteistyörahoituksella ja seurakuntien tuella vuosittain 100 000 eurolla.
Nepalissa puolestaan taloudellisen väärinkäytöksen epäily liittyy paikallisen työntekijän täydennyskoulutuskuluihin, arviolta 10 000 euroa, joiden käytöstä ei ole riittävää selvitystä. Vaje saatiin selville Lähetysseuran oman toiminnan avulla. Lähetysseura on tehnyt tarvittavat toimenpiteet tilanteen selvittämiseksi ja tiedottanut asiasta ulkoministeriölle.
Suomen Lähetysseura toimii kolmessakymmenessä maassa lähes 120 kumppanin kanssa. Lähetysseuralla on Felm against corruption -sivusto ja lomake, jonka avulla myös nimettömänä voi ilmoittaa epäillyistä väärinkäytöksistä.